Mặc dù Infanta Amalia sống đến hết đời ở München nhưng Vương tôn nữ vẫn gắn bó với quê hương. Amalia thường xuyên đến thăm Tây Ban Nha và con trai cả của Amalia là Vương tôn Ludwig Ferdinand của Bayern được sinh ra tại Cung điện Vương thất Madrid.[2] Amalia trải qua mùa đông tại dinh thự München và mùa hè tại Cung điện Nymphenburg.[2] Adalbert qua đời vào năm 1875 và Amalia sống lâu hơn chồng ba mươi năm.

Amalia duy trì mối liên kết giữa mình với Tây Ban Nha thông qua thế hệ tiếp theo. Tất cả năm người con của Infanta Amalia đều nói tiếng Tây Ban Nha trôi chảy và Amalia còn khuyến khích con trai Ludwig Ferdinand kết hôn với cháu gái gọi cô cũng như là con gái đỡ đầu của mình là Vương nữ María de la Paz của Tây Ban Nha. Ludwig và Paz đã kết hôn năm 1883.[2]

Amalia qua đời tại Cung điện Nymphenburg, thọ 70 tuổi, vào ngày 27 tháng 8 năm 1905[3] và được an táng tại Nhà thờ thánh Michael, München.